Moleküler ve Hücresel Araştırma Laboratuvarı

Amaç

Moleküler ve Hücresel Araştırma Laboratuvarının amacı genetik hastalıkların moleküler patofizyolojisinin araştırılması ve sorumlu genlerin/mutasyonların tanımlanmasını araştırırken eğitim öğretim kapsamında da öğrencilerin moleküler biyoloji tekniklerini öğrenmesi ve uygulama yapmalarını sağlamaktır. Bu amaç doğrultusunda öğrencilerin laboratuvar uygulamasına katılması ile bağımsız ya da grup içinde çalışma deneyimi edinmeleri hedeflenmiştir.

Kapsam/İçerik

Laboratuvarımızda diyabetin bir alt türü olan MOD3, kalıtsal kanamalı hastalıklardan Von Willebrand Disease, Hemofili A, Hemofili B, Faktör 11 eksikliği ve Epilepsy hastalıkları ile ilgili moleküler genetik çalışmalar yürütülmektedir. Bu kapsamda dokulardan DNA saflaştırma, PCR ve HRM

analizi, gen klonlama, DNA dizilenmesi ile gen taraması yaparak mutasyon analizi, in vitro gen mutagenezi, hücre kültüründe gen transfeksiyonu ve gen ekspresyon analizleri, protein saflaştırma ve protein analizi gibi moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemler kullanılarak,

• MODY, kanamalı kalıtsal hastalıklar ve epilepsi hastalıklarına neden olan genlerin araştırılması, sorumlu genlerin tanımlanması,

• MODY, kanamalı kalıtsal hastalıklar ve epilepsi hastalıklarına neden olan gen mutasyonlarının DNA dizilenmesi ile tanımlanması,

• MODY’ye, kanamalı kalıtsal hastalıklara ve epilepsi hastalıklarına neden olan gen mutasyonların hücre kültüründe ve in silico çalışmalar ile fonksiyonel karakterizasyonunun yapılması,

• MODY, kanamalı kalıtsal hastalıklar ve epilepsi hastalıklarına neden olan mutasyonların popülasyonlarda görülme sıklığının araştırılması

• MODY, kanamalı kalıtsal hastalıklar ve epilepsi hastalıklarının ülkemizde mutasyon profilinin belirlenmesine yönelik araştırma projeleri yürütülmektedir.

Laboratuvarda Yürütülen Projeler

• BERBER E, “Maturity-onset Diabetes of the Young 3 (MODY3)’ün moleküler patolojisinde ve ayırıcı klinik tanısında miRNA’ların fonksiyonel rolününün araştırılması”, TUBİTAK – 113S217, Yürütücü Bütçe: 447.100 TL, 2013 – 2016.

• BERBER E, “Türkiye’de Maturity-onset Diabetes of the Young (MODY)’ın moleküler ve genetik analizi: HNF1A aday mutasyonlarının fonksiyonel karakterizasyonu ve MODY şüpheli Türk hastalarda sorumlu genin ekzom dizileme yöntemi ile belirlenmesi”, TUBİTAK – 113S218, Danışman Bütçe: 239.250 TL, 2013 – 2016.

• BERBER E, “Von Willebrand Faktör Geninin Moleküler Genetik Analizi ile Türk Tip 2 Von Willebrand Hastalığının Genetik Etiyolojisinin Belirlenmesi ve Von Willebrand Hastalığının Moleküler Patolojisinin Analizi”, Türk Hematoloji Derneği – 2011-9 Yürütücü 2011 – 2014.

• BERBER E, “Türk Diyabet Hastalarında MODY’nin genetik etiyolojisinin analizi”, BAP Projesi- Yürütücü 2011 – 2014.

• BERBER E, “Von Willebrand Faktör Biyosentezinin Patofizyolojik Mekanizmasının Analizi”, TUBİTAK – 107S320, Yürütücü Bütçe: 169.250 TL, 2008 – 2013.

• BERBER E, “Türkiye’de Hemofili B Olgularında Genetik Varyasyonları Tanımlama ve Türkiye Hemofili B Genetik Veri Tabanı (TR-Hbgvt) Oluşturulması” TÜBİTAK 1001, 118S687, Araştırmacı Bütçe: 686.072,00 TL, Kasım 2018- Kasım 2021.

• YALÇIN ÇAPAN Ö, “Türkiye’de Maturity-onset Diabetes of the Young (MODY)’ın moleküler ve genetik analizi: HNF1A aday mutasyonlarının fonksiyonel karakterizasyonu ve MODY şüpheli Türk hastalarda sorumlu genin ekzom dizileme yöntemi ile belirlenmesi”, TÜBİTAK -113S218, Yürütücü Bütçe: 239.250 TL, 2013 – 2016.

• YALÇIN ÇAPAN Ö, “Hnf1a Transkripsiyon Faktörünün Hücre Çekirdeğine Taşınmasından Sorumlu Importin-Alpha Alt Grubunun Tespit Edilmesi ve Nuklear Lokalizasyon Sinyalinin (NLS) Araştırılması”, TÜBİTAK 1002, 116Z564, Yürütücü Bütçe:29.977 TL, 2017-2018.

• YALÇIN ÇAPAN Ö, “Epileptik ensefelopati hastalarında ekzom dizileme yöntemi ile yeni gen ve varyantların tanımlanması, in silico modelleme ile fonksiyonel analizi”, BAP Projesi-Yürütücü 2020-2022.

• YALÇIN ÇAPAN Ö, “Yenilenebilir kaynaklar kullanılarak CRISPR/Cas9 sistemi için hedefe yönelik nanotaşıyıcıların geliştirilmesi”, TÜBİTAK, 220Z034, Araştırmacı, Bütçe: 427.500 TL, 2021-2024.

Laboratuvarda Yapılan Çalışmalar ile Yapılan ve Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler

• Oymak Y, Dodurga Y, Turedi A, Yaman Y, Ozek G, Carti O, Gunes BT, Erbudak E, Berber E, Avci CB, Vergin C. Higher Expression of the Novel Gene Upregulated Gene 4 in Two Acute Lymphoblastic Leukemia Patients with Poor Prednisolone Response. Acta Haematol. 2012; 128(2):73-76.

• Berber E, The Molecular Genetics of von Willebrand Disease. Turkish Journal of Hematology. 2013; 29: 313-324.

• Berber E, Pehlevan F, Akin M, Yalcin Capan O, Kavakli K, Caglayan SH. A Common VWF Exon 28 Haplotype in the Turkish Population. Clin Appl Thromb Hemost. 2013; 19: 550-556.

• Kilic SC, Icagasioglu FD, Guven AS, Berber E. Spontaneous thrombosis in a patient with factor XI deficiency homozygous for the p.Cys398Tyr mutation. Blood Transfusion 2014; 12: 446-448.

• Berber E, Özbil M, Brown C, Baslar Z, Caglayan S.H., Lillicrap D. Functional Characterization of the Type 1 VWD candidate VWF gene variants: p.M771I, p.L881R and p.P1413L (034-16). Blood Transfusion 2017; 15(6): 548-556 (DOI 10.2450/2016.0034-16).

• Colakoglu S, Bayhan T, Berber E. Molecular genetic analysis of FXI gene in 14 Turkish FXI deficiency patients: identification of novel and recurrent mutations and inheritance of the mutations within the family. Blood Transfusion 2018; 16(1):115-113 (DOI 10.2450/2016.0098-16).

• Baltaci OF, Colakoglu S, Gullu Amuran G, Aydin N, Sargin M, Karabay A, Yilmaz T, Berber E. Exploring the role of miRNAs in the diagnosis of miRNAs in the diagnosis of MODY3. Turkish Journal of Medical Sciences 2018; 48(3): 620-626.

• Capan OY, Aydin N, Yilmaz T, Berber E. Whole exome sequencing reveals novel candidate gene variants for MODY. CLINICA CHIMICA ACTA 2020; 510: 97-104.

• H. Çubuk, Ö. Yalçın Çapan, 2021, “A review of functional characterization of single amino acid change mutations in HNFtranscription factors in MODY pathogenesis”, The Protein Journal, 05 May 2021, 40(3):348-360.

• Fareed M.A.F, Ş. Korulu, M. Özbil, Ö. Yalçın Çapan, 2021 “HNF1A-MODY mutations in nuclear localization signal impair HNF1A-import receptor KPNA6 interactions”, The Protein Journal. Aug;40(4):512-521.

• Çakır Hatır, P and Yalcin Capan Ö, 2021, “Synthesis, Characterization And Biocompatibility Of Plant-Oil Based Hydrogels”, Trakya University Journal of Natural Sciences, 22(2): 147-154.

• Yalcin Capan Ö, N. Aydın, T. Yılmaz, E. Berber. 2020, “Whole exome sequencing reveals novel candidate gene variants for MODY”, Clin Chim Acta. 2020 Jul 6;510:97-104. DOI: 10.1016/j.cca.2020.07.005.

• Çakır Hatır, P and Yalcin Capan Ö, 2019, “Comparison of crosslinker types and initiation systems of thermoresponsive PNIPAM hydrogels”, Düzce Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Dergisi, 2019, 7(3), 1237 – 1248.

• Akcakaya NH, Yalcin Capan O, Schulz H, Sander T, Caglayan HS, Yapıcı Z, 2017, “De novo 8p23.1 deletion in a patient with absence epilepsy”, Epileptic Disord, Jun 1;19(2):217-221.

• Yalcin, O, 2012, “Genes and mechanisms involved in the epileptogenesis of idiopathic absence epilepsies”, Seizure, Mar;21(2):79-86.